A hajdani Gyöngyösapátit 1328-ban említi egy jelentés, melyet a vasvári káptalan készített Károly Róbert részére. E jelentés szerint a Vas vármegyei Apaty birtok egy bizonyos Rempe fia Salamon fia Mihály birtokában volt.

A gótikus eredetű plébániatemplom építéséről nincsenek pontos adatok. Első leírása egy 1674. évi egyházlátogatási jegyzőkönyvben szerepel, ahol a templom mellett álló kápolnát is megemlítik. Az írásos emlékek tanúsága szerint az épület 1689-ben már meglehetősen romos, annak ellenére, hogy Eszterházy Pál megnagyobbíttatta és javíttatta. A templomot 1880-ban építették át háromhajóssá eklektikus stílusban.

 A századfordulótól 1937-ig Németgencs (anyaegyház), valamint a szomszédos Perenye és Apáti (fíliák) egyház-szervezetileg egy egységet alkottak.